Geschlechtsunterscheidung ist bei erwachsenen Tieren meist schon über die Färbung möglich.
Die Geschlechter lassen sich relativ einfach unterscheiden. Die Männchen besitzen einen breiteren Kopf und eine wesentlich kräftigere Färbung. Um allerdings grade bei semi- und subadulten Tieren das Geschlecht sicher zu bestimmen, sollte man die Echsen von unten betrachten. Beim Männchen befindet sich im Bereich der Schwanzwurzel eine durch die Hemipenistaschen hervorgerufene deutliche Verdickung, die beim Weibchen fehlt.
Halsbandleguan Männchen
Männchen haben auf der Unterseite der Oberschenkel vergrösserte Fermoralporen zu erkennen als Schuppen mit Punkten in der Mitte, aus denen besonders zur Paarungszeit häufig wachsartige Stifte herrausragen.
Femoralporen sind Hautdrüsen, die bei einigen Echsen auf der Innenseite der Oberschenkel sitzen.
Halsbandleguan Weibchen
Bei den Weibchen fehlen all diese vergrösserten Schuppen.